Центр Коллективного Пользования (ЦКП) "Биоинформатика"

Комплект оборудования ЦКП "Биоинформатика"

Кластер

Собран на основе 4-х шасси HP BladeSystem с7000 c 64 серверами HP BL2х220c G6 пиковой производительностью RPeak = 10362 GFlops; 1024 ядра.

Комплектация серверов BL2х220c G6 состоящих из 2-х модулей (на 1 модуль по 2 процессора, 6 слотов DIMM и одному жесткому диску):

Управляющий узел кластера на основе сервера HP DL360 G6.

Комплектация:

Параллельная система хранения данных

Основана на технологии X9300 Network Storage Gateway. Доступный дисковый объем - до 48 ТБ.

Комплектация:

  • 4 шлюзовых сервера на базе HP DL380 G6 (Intel Xeon E5520, архитектура x86-64, тактовая частота 2.26 ГГц, 48 Гбайт оперативной памяти DDR3 PC3-10600 1333MHz, 2 жёстких диска HP SAS Enterprise 146 ГБ 15000 об./мин),
  • 4 дисковых полки расширения HP StorageWorks 2000 Modular Smart Array,
  • 48 жестких дисков HP 1TB 7200 об./мин,
  • сервер управления на базе HP DL360 G6 (Intel Xeon E5504, архитектура x86-64, тактовая частота 2.00 ГГц, 8 Гбайт оперативной памяти DDR3 PC3-10600 1333MHz, 2 жёстких диска HP SAS Enterprise 146 ГБ 10000 об./мин).

Файловый сервер

Собран на основе HP DL380 G6 и хранилища данных HP StorageWorks Modular Smart Array. Ёмкость системы составляет 27 Тбайт при использовании RAID5.

Комплектация:

Система резервного копирования

Ленточная библиотека HP MSL 4048 (стандарт LTO-4).

  • HP MSL 4048 поддерживает одновременную установку 48 картриджей, обеспечивающая скорость передачи данных не менее 576 Гбайт/час на два устройства считывания/записи, без учета сжатия.
  • поставлено 96 ленточных картриджей HP Ultrium 4 1.6TB RW Data Cartrige

Вычислительный комплекс на графических процессорах

Основан на 4-х Tesla S2070 1U установленных на сервере HP DL380 G6.

Комплектация:

  • 2 x Intel Xeon X5560 с тактовой частотой 2,8 ГГц,
  • 36 Гбайт оперативной памяти типа DDR3 Registered PC3-10600R 1333MHz,
  • 8 жестких дисков HP SAS Enterprise 300 Гб, 10000 об./мин.
  • 4 вычислительные системы NVIDIA Tesla S2070 PCIe x16 Gen2 (общие характеристики - 2060 GFlops; 24ГБ GDDR5).

Web-сервер

Основан на HP DL360 G6.

Комплектация:

Сервер баз данных №1

Основан на HP DL380 G6 с подключенным к нему дисковым массивом HP D2700 с объемом дискового пространства 3,6 Тбайт.

Комплектация:

  • 2 x Intel Xeon X5560 2,80 ГГц,
  • оперативная память 36Гбайт DDR3 Registered PC3-10600R 1333MHz,
  • 2 жёстких диска HP SAS Enterprise 146 ГБ, 10000 об./мин.
  • дисковая полка HP D2700 с установленными 25 дисками HP SAS Enterprise 146 ГБ, 15000 об./мин (возможность подключения 3-х дополнительных дисковых полок для увеличения общего числа дисков до 100).

Сервер баз данных №2

Основан на HP DL380 G6.

Комплектация:

Система бесперебойного питания

На основе модульного источника бесперебойного питания APC Symmetra PX (SY64K160H). Модульные панели распределения питания с автоматами для подключения оборудования.

Ноутбуки

Терминальный класс оснащенный ноутбуками HP Compaq 610 (VC275EA)

Физическое расположение, контакты ЦКП "Биоинформатика"

Высокопроизводительный кластер находится по адресу: ССКЦ СО РАН, пр. ак. Лаврентьева, д. 6, г. Новосибирск, 630090, Россия.

Доступ к кластеру nks-g6.sscc.ru разрешен только из подсетей Новосибирского научного центра СО РАН.

Вход на сервер разрешен только по ssh, переслать на сервер или с сервера данные можно только по scp или sftp.

Примеры shell-скриптов для запуска на кластере "Биоинформатика"

#!/bin/bash
#PBS -V
#PBS -q g6_q
#PBS -r n
#PBS -l nodes=2:ppn=4:mem=16GB,cput=20:00:00,walltime=21:00:00
#PBS -N appname
#PBS -j oe
date
cd $PBS_O_WORKDIR
cat $PBS_NODEFILE
pwd
mpirun -r ssh -genv I_MPI_FABRICS shm:ofa -n 8 ./mpiapplication param0 param1
date

#!/bin/bash
#PBS -V
#PBS -q g6_q
#PBS -r n
#PBS -l nodes=1:ppn=1:mem=2GB,cput=20:00:00,walltime=21:00:00
#PBS -N appname
#PBS -j oe
date
cd $PBS_O_WORKDIR
cat $PBS_NODEFILE
pwd
./application param0 param1
date

В рамках создания ЦКП "Биоинформатика" на базе ИЦиГ СО РАН образован коллектив экспертов научных программ для решения задач в области биоинформатики, сформулированы основные требования к устанавливаемому свободному программному обеспечению.

Область

Ответственный (ые) исполнитель (и)

Эволюционная биоинформатика

к.б.н. Гунбин К.В.

Популяционная генетика, сегрегационный анализ

к.б.н. Кириченко А.В., к.б.н. Гунбин К.В.

Регуломика

к.б.н. Ощепков Д.Ю.

Протеомика

к.б.н. Пинтус С.С., к.б.н. Иванисенко В.А.

Ассемблирование геномов

к.б.н. Вишневский О.В., к.б.н. Афонников Д.А.

Структурная биология

к.ф-м.н. Фомин Э.С., к.ф-м.н. Титов И.И.

Системная биология (моделирование динамики функционирования)

к.б.н. Лашин С.А., Казанцев Ф.В.

Статистический анализ данных

д.б.н. Ефимов В.М.

Системная биология (генные сети)

к.ф-м.н. Титов И.И., Тимонов В.С.

Выбор свободно-распространяемого программного обеспечения учитывает:
  • индекс научного цитирования программного продукта,
  • сведения о применимости программного продукта для анализа разного типа данных,
  • сведения о научной ценности программного продукта на современном этапе развития науки, исходя из экспертных оценок,
  • данные об уникальности алгоритмов реализованных в программном продукте,
  • возможность сборки исполняемых файлов программного продукта для архитектуры x86-64,
  • возможность построения конвейера анализа данных - универсальность входных и выходных форматов данных.

В рамках создания ЦКП "Биоинформатика" разработано решение по составу научных программ для решения задач в области биоинформатики, ориентированных на использование высокопроизводительных вычислений.

Bio-Linux 6.0

 URL
Рекомендованные пакеты Bio Linux 6.0
act
ape
arb
artemis
assembly-conversion-tools
big-blast
biojava
blast+
bldp-files
blixem
cap3
cd-hit
clcsequenceviewer
cloudbl-desktop
clustal
coalesce
das-prep
dendroscope
dialign
dotter
dotur
dust
embassy-domainatrix
embassy-domalign
embassy-domsearch
embassy-phylip
emboss
emboss-data
emboss-doc
emboss-kmenus
emboss-lib
emboss-test
envbase-for-pedro
estscan
exchanger
fastDNAml
fasta
fasttree
fluctuate
forester
genespring-2
genquery
glimmer
glimmer3
grid-certs
handlebar
happy
hmmer
jalview
jemboss
jprofilegrid
keyring
lamarc
libajax6
libajax6-dev
libnucleus6
libnucleus6-dev
lucy
maxd
mcl
mesquite
migrate
mira
mira-3rd-party
mothur
mountapp
mrbayes
mrbayes-multi
msatfinder
mspcrunch
mummer
muscle
mview
ncbi-tools-x11
netblast
njplot
nrdb
ocount
oligoarray
oligoarrayaux
omegamap
paml
partigene
pedro
peptidemapper
pfaat
pftools
phylip
prank
priam
primer3
prot4est
qtlcart
rasmol
rbs-finder
readseq
recombine
sampledata
samtools
seaview
sequin
splitstree
squint
staden
stars
t-coffee
taverna
taxinspector
tetra
trace2dbest
transterm
transterm-hp
tree-puzzle
treeview
trnascan
usb-maker
wise2
xcut
yamap
zsh

Дополнительное свободное программное обеспечение, рекомендованное к установке в Linux-дистрибутив


Consan

 URL

PROBCONS

 URL

Kalign

 URL

MAFFT

 URL

Promals3D

 URL

DaliLite

 URL

Fast

 URL

Mauve

 URL

libGenome

 URL

libMems

 URL

libMuscle

 URL

sgEvolver

 URL

Boost

 URL

R-COFFEE

 URL

RNAlpfold

 URL

RASCAL

 URL

LEON

 URL

LINTREE

 URL

ModelGenerator

 URL

GARLI

 URL

PATHd8

 URL

BEAST

 URL

BIONJ

 URL

QuickTree

 URL

WEIGHBOR

 URL

PROTTEST

 URL

jModeltest

 URL

MrAIC.pl

 URL

CONSEL

 URL

Bio++ Program Suite

 URL

Bio++ C++ libraries

 URL

RAxML

 URL

PhyloBayes

 URL

PhyML

 URL

PhyML-MPI

 URL

PhyML-CAT

 URL

PhyML-mixture

 URL

PhyML-structure

 URL

nhPhyML

 URL

PhyMLrates

 URL

r8s

 URL

SEMPHY

 URL

HyPhy

 URL

DDE

 URL

KaKs_Calculator

 URL

EvoRadical

 URL

AsymmetryCounter & AsymmetryScaler

 URL

Crann

 URL

ADAPTSITE

 URL

KrKc.pl

 URL

MODELESTIMATOR

 URL

MK-Test

 URL

Rate4Site

 URL

Selecton Server

 URL

PAML

 URL

GASP

 URL

Ortheus

 URL

FASTML server

 URL

ANCESCON

 URL

INDELible

 URL

SimWalk2

 URL

Solar

 URL

Merlin

 URL

MIGRATE-N

 URL

Lamarc

 URL

HKA

 URL

FPG

 URL

IM & IMa

 URL

Genepop

 URL

UNAFold

 URL

FUGUE

 URL

BioCocoa

 URL

tRNAscan-SE

 URL

PeakSeq

 URL

Hpeak

 URL

SOLiDT (CoronaLite)

 URL

ERANGE

 URL

GeneTrack

 URL

FindPeaks

 URL

SISSRs

 URL

QuEST

 URL

MACS

 URL

CisGenome

 URL

AMOS

 URL

CABOG

 URL

WGS-assembler

 URL

The Arachne assembler

 URL

Phred/Phrap/ConsEd

 URL

EDENA

 URL

Forge

 URL

QSRA

 URL

SeqCons

 URL

SHARCGS

 URL

SHORTY

 URL

SR-ASM

 URL

Taipan

 URL

SSAKE

 URL

VCAKE

 URL

Velvet

 URL

NAMD

 URL

GROMACS

 URL

MOPAC

 URL

GAMESS

 URL

TINKER

 URL

Blat

 URL

Blast

 URL

R

 URL

Python

 URL

BioPython

 URL

NumPy & SciPy

 URL

BioPerl

 URL

BioJava

 URL

BioC++

 URL

Objective Caml

 URL

Octave

 URL
Работа поддержана Междисциплинарным проектом "Создание программной среды для институтов СО РАН на базе свободно-распространяемого ПО и программного обеспечения с открытым исходным кодом в качестве составной части национальной программной платформы"

© All Copyright Reserved by Nikolay L. Podkolodny, Konstantin V. Gunbin and Nikolay A. Kolchanov

Page last modified on